Anton Pottegård er med imponerende hast blevet en anerkendt forsker inden for registerbaseret forskning i lægemidler, og så har han trods sin unge alder en formidabel evne til at formidle sin forskning, hvilket også har gjort ham kendt udenfor universitets rammer.
Anton Pottegårds forskningsinteresse ligger inden for brug af lægemidler i bredeste forstand. Hans forskning tager for det meste udgangspunkt i data fra danske eller internationale sundhedsregistre, hvor han søger at beskrive kendte og ukendte bivirkninger til lægemiddelbehandling.
Anton Pottegård har været involveret i arbejder om diabetes, psoriasis, ADHD, misbrug af lægemidler, hjerneblødninger og meget andet – i et samarbejde med forskere og klinikere fra hele verden. Udgangspunktet er ofte de gode danske registerdata eller tilsvarende data fra andre lande. Særligt har han interesseret sig for cancer som en potentiel bivirkning til langvarig lægemiddelbrug
Han har udgivet mere end 200 videnskabelige artikler i både små og store tidsskrifter, altid med lægemidler som omdrejningspunktet. Eksempler omfatter risiko for hjerneblødninger hos brugere af blodfortyndende medicin, forbrugsmønstre for psykofarmaka til børn (særligt ADHD-medicin) og potentielle interaktioner mellem forskellige lægemidler. Han er desuden, sammen med kollegaen Tore B. Stage, forfatter til lærebogen ”Praktisk Farmakologi”. Anton Pottegård er desuden udnævnt til studieleder for uddannelsen i klinisk farmaci på SDU fra den 1. september.