Normalt mere adskilte type forskere på Aalborg Universitet skal nu arbejde sammen i et projekt, der har fået navnet ”Data Science meets Microbial Dark Matter”. Forskere fra Institut for Kemi og Biovidenskab og Institut for Datalogi på Aalborg Universitet vil kombinere deres viden om DNA-sekventering, grafanalyser og maskinlæring til at kortlægge flere genomer fra bakterier hurtigere.
Bakterier bruges mange steder til mange formål, men det vil med stor sandsynlighed vokse betydeligt i fremtiden. Men skal vi for alvor kunne bruge deres evner, skal vi også kende deres genom, og her er vi bagud. I dag kender vi genomerne på langt under én procent af bakterier i naturen. De resterende omtales ofte ”mikrobiologiens mørke stof”.
– Vi har alle maskinerne, der skal bruges til at kigge på DNA, og vi kan generere masser af data. Men når vi har data på så massiv skala som nu, har vi brug for datalogiforskernes kompetencer til at udnytte den og til at hjælpe os med at kortlægge endnu flere bakterielle genomer endnu hurtigere, forklarer professor MSO Mads Albertsen fra Institut for Kemi og Biovidenskab, der er en af projektlederne, og deslige blandt andet foregangsmand til en metode, der kan bruges til at tage ”bakteriers fingeraftryk”
Fra Institut for Datalogi deltager Professor Katja Hose og Professor MSO Thomas Dyhre Nielsen, der forsker i henholdsvis grafanalyser og maskinlæring. Katja Hose siger:
– Datavidenskab og biovidenskab er to meget forskellige discipliner, der begge udvikler sig helt vildt og ofte uafhængigt af hinanden. Det er derfor nærmest umuligt at følge med i de seneste fremskridt på de to områder. I projektet håber vi både på at opnå synergi mellem felterne, men også at skubbe til grænserne for, hvad vi kan bruge hinandens viden til.
Projektet er et såkaldt pilotprojekt, men de aalborgensiske forskere håber og tror, at det er startskuddet til et meget større samarbejde:
– Vi starter med at teste en håndfuld prøver, men målet er selvfølgelig, at vi på sigt kan skalere det op til tusindvis af prøver, så vi rent faktisk kan genere mange flere genomer og bidrage til at opbygge databaser, så vi har et komplet livets træ, siger Mads Albertsen.
Kilde: AAU
