Jorden er fyldt med liv, der kommer til udtryk på mange forskellige måder. Umiddelbart er der ikke meget tilfælles, men det passer ikke, viser et nyt studie, der er et samarbejde mellem forskere fra professor Matthias Manns forskningsgrupper på Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research og Max Planck Institute of Biochemistry. Det viser sig, at forskellige slags liv har slående ligheder, når man kigger på deres proteiner.
– Vi har kortlagt samtlige proteiner, der tilsammen hedder proteomet, i 100 forskellige arter. Og det er tydeligt, at de er helt ekstremt forskellige. Men samtidig har de mere til fælles, end vi troede. I alle livsformerne fokuserer en stor andel af proteinerne på energiomsætning og på at opretholde protein-balance, siger Matthias Mann.
– Alle livsformerne har det til fælles, at en stor andel af deres proteiner bruges til at opretholde en slags ligevægt, som vi kalder homeostase. De har også til fælles, at en stor andel af proteinerne hjælper med at generere energi. Selvom måden det foregår på kan være alt fra fotosyntese til almindelig kulhydratforbrænding, forklarer Alberto Santos Delgado, postdoc på Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research.
Tidligere forskning har forsøgt at forudse hvor mange og hvilke proteiner, der findes, udelukkende ud fra den genetiske kode og bioinformatiske beregninger. Men den nye proteinkortlægning giver faktisk dokumentation for et kæmpe antal nye proteiners eksistens. Og her kommer machine learning til hjælp.
– Vores arbejde med at koble data fra massespektrometri til forskellige databaser har ført til et datasæt med otte millioner datapunkter med 53 millioner forbindelser mellem dem. Vi lægger alt data frit tilgængeligt, så andre forskere kan bruge det til at opdage nye sammenhænge. Nye teknologier som machine learning er på vej frem, og vi forventer, at de kan få gavn af dette store, offentligt tilgængelige datasæt, siger Johannes Mueller, ph.d.-studerende ved Max Planck Institute of Biochemistry.
Forskerne på Københavns Universitet har især bidraget til databehandlingen og den bioinformatiske analyse. I München har forskerne på Max Planck Institute of Biochemistry beskæftiget sig med massespektrometri.
På hjemmesiden Proteomes of Life vil forskerne dele alt data fra projektet.
Kilde: KU
