Københavns Universitet har besluttet at fratage Milena Penkowa den doktorgrad, hun opnåede ved universitetets sundhedsvidenskabelige fakultet i 2006. Denne beslutning er truffet enstemmigt af fakultetets akademiske råd.
Milena Penkowa indleverede i 2003 en disputats, hvor en del af de dyreforsøg, der indgik, ikke var gennemført. På grund af mistanken herom afviste bedømmelsesudvalget disputatsen. For at dække over disse forhold forfalskede Milena Penkowa centrale dokumenter. Dette blev fastslået ved Østre Landsrets dom af 8. september 2016. Hvis fakultetet havde været bekendt med disse forhold, ville fakultetet have afvist at behandle den anden doktordisputats, som Milena Penkowa fik doktorgraden for.